La storia delle origini continua su Gotham e la posta in gioco è più alta che mai, poiché vengono introdotti Supercriminali più ambiziosi e depravati e uno spostamento di alleanze scuote la lotta per il potere a Gotham City.

Nella seconda stagione, il detective Jim Gordon (Ben McKenzie) e il veterano eticamente discutibile, il detective Harvey Bullock (Donal Logue) rimangono in prima linea nella lotta contro il crimine in questa città pericolosamente corrotta. Mentre affronta i criminali più famosi di Gotham, tuttavia, la bussola morale di Gordon inizia a vacillare, ma viene preso sotto l'ala protettrice di Nathaniel Barnes (Michael Chiklis), un fanatico della legge e dell'ordine che non ha paura di farsi dei nemici.

Allo stesso tempo, Gordon continua la sua ricerca per conquistare la fiducia del giovane Bruce Wayne (David Mazouz), che è sulla buona strada verso l'uomo che è destinato a diventare, dopo aver scoperto i segreti più profondi di suo padre, con l'aiuto del suo il fidato maggiordomo e mentore, Alfred Pennyworth (Sean Pertwee), e il ritrovato alleato della Wayne Enterprises, Lucius Fox (Chris Chalk).

Nell'epica guerra per il territorio che si è verificata alla conclusione della prima stagione, Oswald Cobblepot aka The Penguin (Robin Lord Taylor) ha combattuto per conquistare il potere sul mondo sotterraneo di Gotham. Entrando nella seconda stagione, Gotham continuerà a seguire le storie in evoluzione dei cattivi più malvagi della città: Edward Nygma/L'Enigmista (Cory Michael Smith), la cui trasformazione da esperto forense di Gotham PD a cattivo psicologicamente sconvolto continua;

Selina Kyle/la futura Catwoman (Camren Bicondova), la cui esistenza dura la spinge verso una vita criminale; e la sempre più instabile Barbara Kean (Erin Richards), che è fuori per Gordon e la sua ragazza, la dottoressa Leslie Thompkins (Morena Baccarin). Sperando anche di lasciare il segno sulla città c'è anche Theo Galavan (James Frain), l'industriale miliardario, che sembra essere il salvatore che Gotham stava aspettando. Theo, insieme a sua sorella e principale scagnozzo, Tabitha Galavan aka Tigress (Jessica Lucas), tengono nascosta la loro secolare vendetta, mentre manipolano la loro strada verso il potere. Sinossi L'oscurità cresce su Gotham, quando vengono introdotti supercriminali più ambiziosi e depravati, e un riallineamento delle alleanze scuote la lotta per il potere a Gotham City.

Con i detective Jim Gordon e Harvey Bullock in prima linea nella lotta contro il crimine in questa città pericolosamente corrotta, la seconda stagione vede la bussola morale di Gordon vacillare, mentre affronta i criminali più famosi di Gotham. Allo stesso tempo, continua la sua ricerca per ottenere la fiducia del giovane Bruce Wayne, che ora è sulla buona strada verso l'uomo che è destinato a diventare, dopo aver scoperto i segreti più profondi di suo padre.

Nell'epica guerra per il territorio che si è verificata alla conclusione della prima stagione, The Penguin ha combattuto per conquistare il potere sul mondo sotterraneo di Gotham. Nella seconda stagione, Gotham segue le storie in evoluzione di Edward Nygma/L'Enigmista e Selina Kyle/la futura Catwoman, nonché le origini di nuovi cattivi, tra cui The Joker e Mr. Freeze.