L'histoire d'origine se poursuit sur Gotham et les enjeux sont plus élevés que jamais, alors que des super méchants plus ambitieux et dépravés sont introduits, et un changement d'alliance secoue la lutte pour le pouvoir à Gotham City.

Dans la deuxième saison, le détective Jim Gordon (Ben McKenzie) et le vétéran détective Harvey Bullock (Donal Logue) restent à la pointe de la lutte contre le crime dans cette ville dangereusement corrompue. Alors qu'il affronte les criminels les plus notoires de Gotham, la boussole morale de Gordon commence à vaciller, mais il est pris sous l'aile de Nathaniel Barnes (Michael Chiklis), un fanatique de l'ordre public qui n'a pas peur de se faire des ennemis.

Parallèlement, Gordon poursuit sa quête pour gagner la confiance du jeune Bruce Wayne (David Mazouz), qui est sur une voie claire vers l'homme qu'il est destiné à devenir, après avoir découvert les secrets les plus profonds de son père, avec l'aide de son le majordome et mentor de confiance, Alfred Pennyworth (Sean Pertwee), et le nouvel allié de Wayne Enterprises, Lucius Fox (Chris Chalk).

Dans la guerre de territoire épique qui a eu lieu à la fin de la première saison, Oswald Cobblepot alias The Penguin (Robin Lord Taylor) s'est frayé un chemin vers le pouvoir sur le monde souterrain de Gotham. Avant la saison deux, Gotham continuera de suivre les histoires évolutives des méchants les plus malveillants de la ville : Edward Nygma/The Riddler (Cory Michael Smith), dont la transformation d'expert médico-légal de Gotham PD en méchant psychologiquement déséquilibré se poursuit ;

Selina Kyle/la future Catwoman (Camren Bicondova), dont l'existence brutale la propulse dans une vie de crime ; et Barbara Kean (Erin Richards), de plus en plus instable, qui cherche Gordon et sa petite amie, le Dr Leslie Thompkins (Morena Baccarin). Espérant également laisser sa marque sur la ville, Theo Galavan (James Frain), l'industriel milliardaire, qui semble être le sauveur que Gotham attendait. Theo, ainsi que sa sœur et responsable de l'exécution, Tabitha Galavan alias Tigress (Jessica Lucas), gardent leur vendetta séculaire cachée, alors qu'ils manipulent leur chemin vers le pouvoir. Synopsis L'obscurité grandit sur Gotham, alors que des super méchants plus ambitieux et dépravés sont introduits, et un réalignement des alliances secoue la lutte pour le pouvoir à Gotham City.

Avec les détectives Jim Gordon et Harvey Bullock à l'avant-garde de la lutte contre le crime dans cette ville dangereusement corrompue, la saison deux voit la boussole morale de Gordon vaciller, alors qu'il affronte les criminels les plus notoires de Gotham. Dans le même temps, il poursuit sa quête pour gagner la confiance du jeune Bruce Wayne, qui est désormais sur une voie claire vers l'homme qu'il est destiné à devenir, après avoir découvert les secrets les plus profonds de son père.

Dans la guerre de territoire épique qui s'est produite à la fin de la première saison, The Penguin s'est frayé un chemin vers le pouvoir sur le monde souterrain de Gotham. Dans la deuxième saison, Gotham suit les histoires évolutives d'Edward Nygma/The Riddler et de Selina Kyle/la future Catwoman ainsi que les origines de nouveaux méchants, dont The Joker et Mr. Freeze.