Ninja Assassin folgt Raizo (Rain), einem der tödlichsten Attentäter der Welt. Als Kind wurde er von der Straße geholt und vom Ozunu-Clan, einem Geheimbund, dessen bloße Existenz als Mythos gilt, in einen ausgebildeten Killer verwandelt. Doch Raizo wird von der gnadenlosen Hinrichtung seines Freundes durch den Clan heimgesucht, befreit sich von ihnen und verschwindet. Jetzt wartet er und bereitet sich auf seine Rache vor. In Berlin ist die Europol-Agentin Mika Coretti (Naomie Harris) auf eine Geldspur gestoßen, die mehrere politische Morde mit einem Untergrundnetzwerk unauffindbarer Attentäter aus Fernost in Verbindung bringt. Mika widersetzt sich den Anweisungen ihres Vorgesetzten Ryan Maslow (Ben Miles) und stöbert in streng geheimen Behördenakten, um die Wahrheit hinter den Morden herauszufinden. Ihre Ermittlungen machen sie zur Zielscheibe und der Ozunu-Clan schickt ein Killerteam unter der Führung des tödlichen Takeshi (Rick Yune), um sie für immer zum Schweigen zu bringen. Raizo rettet Mika vor ihren Angreifern, aber er weiß, dass der Clan nicht ruhen wird, bis sie beide eliminiert sind. Nun sind Raizo und Mika in ein tödliches Katz-und-Maus-Spiel durch die Straßen Europas verwickelt und müssen einander vertrauen, wenn sie überleben und den schwer fassbaren Ozunu-Clan endlich zur Strecke bringen wollen. Ninja Assassin spielt den koreanischen Popstar Rain ( Speed ​​Racer) als Hauptfigur, Raizo; Naomie Harris ( Fluch der Karibik: Am Ende der Welt) als Europol-Forscher Mika Coretti; Ben Miles ( V wie Vendetta) als Europol-Agent Ryan Maslow; legendärer Kampfsportler Sho Kosugi ( Die Rache der Ninja) als rücksichtsloser Anführer des Ozunu-Clans; und Rick Yune ( Stirb an einem anderen Tag) als Raizos Rivale Takeshi.