Gregor Mendel ist der Augustinermönch des 19. Jahrhunderts, dem die Entdeckung der modernen Genetik zugeschrieben wird. In Genotype schlüpfst du in die Rolle seiner Assistenten und wetteiferst darum, experimentelle Daten zu Erbsenpflanzen zu sammeln, indem du versuchst zu kontrollieren, wie die Pflanzen wichtige Merkmale von ihren Eltern erben: Samenform, Blütenfarbe, Stängelfarbe und Pflanzenhöhe. Die beobachtbaren Merkmale einer Erbsenpflanze (ihr Phänotyp) werden durch ihre genetische Ausstattung (ihren Genotyp) bestimmt. Die Beziehung zwischen Genotyp und Phänotyp und die Natur der genetischen Vererbung stehen im Mittelpunkt von Genotype: A Mendelian Genetics Game.

Während des Spiels erhalten die Spieler Erbsenpflanzenkarten, die eine Reihe von Phänotypmerkmalen zeigen, die sie produzieren und sammeln möchten (z. B. rosa Blüten und große Höhe), um Punkte zu erzielen. In jeder Runde werden Würfel gewürfelt, um die Pflanzenzüchtung darzustellen, was zu den Eigenschaften führen kann, nach denen die Spieler suchen. Nach dem Würfelwurf ziehen die Spieler abwechselnd Würfel, um ihre Erbsenpflanzenkarten zu vervollständigen oder ihre Forschung voranzutreiben. Die während des Würfelwurfs erzeugten Merkmale sind das Ergebnis der Wissenschaft der Punnett-Quadrate, die zeigen, wie die Elterngene kombiniert werden, eines von jeder Elternpflanze. Durch die Veränderung der Gene dieser Elternpflanzen können Spieler die Wahrscheinlichkeit beeinflussen, die benötigten Eigenschaften zu würfeln. Die Vervollständigung von Erbsenpflanzenkarten über den Würfelentwurf ist die Hauptmethode, mit der Spieler Punkte erzielen.

Jede Runde besteht aus drei Phasen: Arbeiterplatzierung, Würfelauswahl und Upgrades.
1) Während der Arbeiterplatzierung ergreifen die Spieler Maßnahmen, um mehr Pflanzenkarten zu erhalten, die Gene einer Mutterpflanze zu ändern, zu gärtnern, zu forschen, Phänotypansprüche abzustecken, neue Werkzeuge zu sammeln oder sich sogar vor anderen Spielern für die Würfelentwurfsphase in einem zu positionieren ein paar Möglichkeiten.
2) Beim Würfel-Drafting gibt es ein paar interessante Schritte, darunter die Möglichkeit, zuerst einen Würfel auszuwählen, aber nur für eine Art von Eigenschaft (z. B. Pflanzenhöhe), oder die Möglichkeit, einen beliebigen Würfel auszuwählen, aber erst danach Picks sind passiert. Mit De-Novo-Mutationswürfeln können Spieler die Eigenschaft anderer Würfel ändern oder zusätzliche Forschung erhalten.
3) In der Aufwertungsphase können Spieler ihre Forschung ausgeben, um Aufwertungen zu erhalten, mit denen sie an mehr Pflanzenkarten arbeiten, in jeder Runde mehr Würfel ziehen oder zusätzliche Arbeiter gewinnen können, die sie während der Arbeiterplatzierungsphase jeder Runde verwenden können.

Die Spieler arbeiten daran, ihre Erbsenpflanzenkarten dem Ergebnis des Würfelentwurfs anzupassen und die Karten zu vervollständigen, um Punkte zu erhalten. Wenn sie einen Phänotyp-Marker platziert haben, erhalten sie Bonuspunkte für jede abgeschlossene Karte, die ihrem Anspruch entspricht. Am Ende von 5 Runden gewinnt der Spieler mit den meisten Punkten.