La historia del origen continúa en Gotham y lo que está en juego es más alto que nunca, ya que se introducen supervillanos más ambiciosos y depravados, y un cambio de alianzas sacude la lucha por el poder en Gotham City.

En la segunda temporada, el detective Jim Gordon (Ben McKenzie) y el veterano detective Harvey Bullock (Donal Logue), éticamente cuestionable, permanecen al frente de la lucha contra el crimen en esta ciudad peligrosamente corrupta. Sin embargo, mientras se enfrenta a los criminales más notorios de Gotham, la brújula moral de Gordon comienza a vacilar, pero es tomado bajo el ala de Nathaniel Barnes (Michael Chiklis), un fanático de la ley y el orden que no tiene miedo de hacerse enemigos.

Al mismo tiempo, Gordon continúa su búsqueda para ganarse la confianza del joven Bruce Wayne (David Mazouz), quien está en un camino claro hacia el hombre en el que está destinado a convertirse, después de descubrir los secretos más profundos de su padre, con la ayuda de su mayordomo y mentor de confianza, Alfred Pennyworth (Sean Pertwee), y un nuevo aliado en Wayne Enterprises, Lucius Fox (Chris Chalk).

En la épica guerra territorial que se produjo al final de la primera temporada, Oswald Cobblepot, también conocido como The Penguin (Robin Lord Taylor), se abrió camino hacia el poder sobre el inframundo de Gotham. De cara a la segunda temporada, Gotham continuará siguiendo las historias en evolución de los villanos más malévolos de la ciudad: Edward Nygma / The Riddler (Cory Michael Smith), cuya transformación de experto forense de Gotham PD a villano psicológicamente trastornado continúa;

Selina Kyle / la futura Catwoman (Camren Bicondova), cuya dura existencia la impulsa a una vida de crimen; y la cada vez más inestable Barbara Kean (Erin Richards), que busca a Gordon y su novia, la Dra. Leslie Thompkins (Morena Baccarin). También con la esperanza de dejar su huella en la ciudad está Theo Galavan (James Frain), el industrial multimillonario, que parece ser el salvador que Gotham ha estado esperando. Theo, junto con su hermana y ejecutora principal, Tabitha Galavan, también conocida como Tigresa (Jessica Lucas), mantienen oculta su venganza centenaria, mientras manipulan su camino hacia el poder. Sinopsis La oscuridad crece en Gotham, a medida que se introducen supervillanos más ambiciosos y depravados, y un realineamiento de alianzas sacude la lucha por el poder en Gotham City.

Con los detectives Jim Gordon y Harvey Bullock a la vanguardia de la lucha contra el crimen en esta ciudad peligrosamente corrupta, la segunda temporada es testigo de la fluctuación de la brújula moral de Gordon, mientras se enfrenta a los criminales más notorios de Gotham. Al mismo tiempo, continúa su búsqueda para ganarse la confianza del joven Bruce Wayne, quien ahora está en un camino claro hacia el hombre en el que está destinado a convertirse, después de descubrir los secretos más profundos de su padre.

En la épica guerra territorial que se produjo al final de la primera temporada, El Pingüino se abrió camino hacia el poder sobre el inframundo de Gotham. En la segunda temporada, Gotham sigue la evolución de las historias de Edward Nygma / The Riddler y Selina Kyle / la futura Catwoman, así como los orígenes de nuevos villanos, incluidos The Joker y Mr.Freeze.